洁净室的洁净度常常受到气流的影响，而气流控制着人、机房、建筑结构等产生的粉尘的运动和扩散。
在无尘工作场所，采用HEPA和ULPA对空气进行过滤，除尘率高达99.97-99.99995%，经此滤网过滤后的空气可以说是非常干净了。但是，洁净室中除了人以外，还有机械等粉尘源，产生的粉尘扩散的话，就无法维持洁净空间了。
洁净室气流是影响洁净室性能的重要因素，一般洁净室气流速度选择在0.250.5m/s之间。提高风速可以减少这种干扰的影响并保持清洁，但提高风速会增加运营成本。为了以合适的风速送风，需要以经济上有效的最佳风速送风。
另一方面，保持均匀的气流也是洁净室获得稳定洁净效果的重要因素，如果不能保持均匀的气流，则意味着尤其是不同的风速。这时候就需要气流沿壁打旋，但实际上很难达到高度的洁净度。
为使洁净室内垂直层流方向的气流保持均匀，(a)送风面上的风速不应有速差，(b)地板回风进气侧的风速盘子应该不同。速度上应该没有区别。风速过慢或过快（0.2m/s、0.7m/s）都会产生涡流现象，0.5m/s的气流会更均匀。在典型的洁净室中以0.25 至0.5m/s 的速度测量。
影响洁净室气流的因素有很多，包括工艺设备、人员、洁净室建筑材料和照明设备。同时，还必须考虑生产设备上的气流导流点。
一般情况下，操作台或生产设备表面的气流分布点应安装在洁净室空间与隔板距离的2/3处，以便操作人员工作时气流流通。从工艺区内到工作区的排气去除了细小的灰尘，但将分流点放在工艺区前面会造成不适当的气流分流。气流在制程区后方，操作者工作产生的粉尘被带到设备后方，污染台湾，不可避免地降低良率。
洁净室内的工作台等障碍物在接缝处产生涡流，其周围的清洁度比较差，但通过在工作台上设置回风孔，可以将涡流降到最低。气流是否形成涡流现象也是设备是否完善的重要因素。
