洁净室的环境应避免微生物的滋生，相应的洁净等级对微生物有一定的要求。预检要求与悬浮颗粒物相同。
监测方法有沉降菌法、气载细菌定量采样法和表面采样法（如棉签擦拭法、接触蝶形法）。使用培养皿检测时，为避免培养皿运输或移动过程中的影响，宜同时进行对照试验，操作方法与取样皿相同但不暴露取样，然后与取样的培养皿（TSA或SDA）一起在培养箱中培养，结果应该是没有菌落生长。
a：浮游细菌采样法
冲击法中的狭缝采样器或屏幕冲击器通常用于监测浮游生物采样器，其中空气通过穿孔盖吸入，气流中的微生物撞击附着在标准培养皿上的琼脂培养基表面。生产过程中可设置取样器，通过取样、等待、再取样等方式对整个生产过程进行监控。此外，浮游生物采样器还有筛网冲击式、表面真空采样、离心式、过滤式和液体冲击式等采样方式。
b:沉降细菌取样法
它是通过曝光法收集落在培养皿中的活的生物颗粒，经过培养、繁殖后计数而得。测定沉降菌的培养皿应布置在有代表性的地方和气流扰动最少的地方。具体取样方法和培养方法如下：将培养皿放置在接近操作高度的位置后，打开外盖，倒置，露出培养基表面。
c：表面细菌取样法
物体表面微生物检测可以判断物体表面微生物污染的程度，包括工作服。一般来说，棉签间接取样后孵育、直接接触取样和表面冲洗三种方法。使用直接接触法时，使用前应将所用的接触板置于室温下。
